孟氏早年师从苏北名医王少江。王氏所处的淮扬地区为吴鞠通故乡。时值叶、吴之说盛行于大江南北，叶天士《临证指南医案》和吴鞠通《温病条辨》不仅是习医者必读之书，而且是行医者案头必置的参考书。在这种氛围下，孟氏早年所学也多为叶、吴之书。在王氏指导下，将叶、吴之书与《伤寒论》、金元四大家之说融会贯通，从而为日后的学术成就打下了坚实的基础。
孟氏在从事温病学教学的过程中感到，明清以来，温病学从病因病机、诊断、治法到各个病种的理法方药，已经有了一个较为完整的学术体系。如仅选一些原著，不仅与临床脱节，而且在理论体系的表述方面也不可能完善、系统，故与教学的差距较大。有鉴于此，从５０年代起，孟氏和教研组的其他老师一起，为建立符合现代学科体系要求的新的温病学体系进行了不懈的努力。主持编写了一系列温病学教材，为创立高等中医药教育的温病学学科体系作出了杰出的贡献，成为中医界公认的全国温病学学术带头人。日本医学杂志称他为“温病之泰斗”，并专门撰文介绍。
新的温病学学科体系主要有以下几个特点：
一是总结出温病的病因病机学。历代对温病的发病原因虽已论及，但或是从“六淫”而论，不能体现温病学的病因特点，或是仅简单地以“温邪”概括温病学的病因。孟氏与同事一起根据历代医著中有关“风热”、“风燥”、“暑邪”、“暑湿”、“湿热”、“温毒”、“时毒”等论述，归纳出风热病邪、温热病邪、暑热病邪、湿热病邪、燥热病邪等，分别引起风温、春温、湿温、暑温、秋燥、伏暑、烂喉痧等温病。孟氏在吴又可“杂气”学说的基础上，对叶天士所说的温邪性质作了进一步阐述。认为温邪的主要特点是从外感受，性质属热，致病迅速，病位有别。这样就较为客观、科学地表述了温病病因的性质。
二是建立了统一的温病辨证体系。温病卫气营血辨证和三焦辨证，初学者对其关系往往一时难以掌握。孟氏及其同事对温病的辨证理论进行了整理和研究，提出了以八纲辨证为指导，卫气营血辨证为经，三焦辨证为纬，结合脏腑、津液辨证的综合辨证体系。孟氏认为，卫气营血辨证理论主要是从温热病发展的纵向方面揭示其发展规律，三焦辨证理论则是在脏腑辨证的基础上对温热病在各个病变阶段所出现的病证进行分析，着重于病的横向分析。因此，两者应有机地结合起来，互为补充，使之成为统一的温病学辨证纲领。这样对温病的辨证更易于掌握和运用。这一辨证体系的建立不仅对温病学理论的整理和发展起到了重要作用，而且对整个中医辨证理论的确立与完善都有重要的意义。孟氏对传统的卫气营血辨证和三焦辨证内容，进行了加工提炼，使之内容更充实、具体。如卫气营血辨证，叶天士只是原则上提出了“卫之后方言气，营之后方言血”。而孟氏提出了在卫、气、营、血每一个阶段都有许多具体的证型。
如卫分证有风热犯肺、燥热犯肺、湿热遏于卫气等，气分证更有无形邪热亢盛、热结肠腑、热盛少阳、湿热困中等许多不同的证型。还提出在卫、气、营、血各阶段之间又有一些过渡性的证型，及卫、气、营、血合并发生的病证，如卫气同病、卫营同病、气营两燔、气血两燔等。这样就使卫气营血辨证的内容更加丰富而具体，临床运用更为方便。
三是充实和发展了温病的治疗学。温病学形成的一个重要标志就是许多温病的新治法不断出现，如清营凉血法、芳香化湿法、清心开窍法、凉肝熄风法、敛阴固脱法等。对温病的主要治法进行系统整理研究使之成为一个较为完整的治疗学体系的，也要归功于孟氏及其同事们。
孟氏把温病的主要治法归纳为解表法、清气法、和解法、祛湿法、通下法、清营凉血法、开窍法、熄风法、滋阴法、固脱法等。在每一类治法内又分为若干治法。如在论及温病的解表法时，具体分为疏风泄热、透表清暑、宣表化湿、疏表润燥等。对每一个治法的适应证、作用、代表方、注意事项等都作了深入的分析。近年来，针对这些治法进行了大量的实验和临床研究，这些研究工作的开展及所取得的成果与孟氏建立的温病学治疗学系统是分不开的。
四是进一步完善了温病的理法方药。温病包括了风温、春温、暑温、湿温、秋燥、伏暑、烂喉痧等。历代医家对每一种温病的病因、发病机理、传变特点、诊断治疗等虽都有一定的论述，但较为散在而简略。而且由于各个医家的认识不同，对每种温病的概念、治法的论述都有所差异。这对进一步研究温病是不利的。孟氏及其同事针对这一情况，进行了大量的整理和研究工作。首先从整理并统一各种温病的概念入手。如风温与春温，古人虽把两者一作为新感、一作为伏气，但在证型和治法上两者重复交叉甚多。孟氏认为风温指风热病邪侵犯肺卫后，以肺为病变中心的一种温病；春温则是温热病邪发自少阳，初起即见里热化火，并易于传营入血、闭窍动风，后期多见肝肾阴伤的一种温病。同时，结合临床实际对温病证治进行整理。以风温为例，孟氏归纳了文献中有关风温的证治内容，并结合临床将风温分为邪袭肺卫、邪热壅肺、痰热结胸、痰热阻肺而腑有热结、肺热发疹、肺热移肠、阳明热盛、阳明热结、热入心包、内闭外脱、肺胃阴伤等证型。另外，在整理温病证治内容时，还注意到与现代医学的内在联系。再以风温和春温为例，在阐发风温病因病机与病变特点时，实质是与重症流感、大叶性肺炎、支气管肺炎等病相吻合的，而春温则与流行性脑脊髓膜炎相吻合。这样不仅使两个病的界限明确，而且在诊断时可以参考现代医学的各种物理和实验室检验，有利于中西医结合诊治温病。
五是补充了温病预防的内容。在前人温病专著中，论及温病预防的极少。作为一门研究温病防治的学科，缺乏预防的内容显然是不完整的。所以孟氏在温病学内专门加入了预防的内容。除了整理历代有关温病预防的文献，突出中医预防的成就外，还结合现代临床实际，提出了发扬中医预防医学理论和方法的优势，在培固正气、强壮机体，隔离患者、控制传播，预防服药、防止染病的原则下，采用各种具有中医特色的方法来预防温病的发生。虽然，中医许多预防温病学的方法不能代替现代的防疫预防措施，但由于其简单易行，可以和现代的防疫方法相辅相成，不仅有实用价值，而且更具有进一步研究挖掘的重要意义。孟氏对温病学预防思想和方法的研究，丰富了现代温病学体系。
孟氏还针对温病学发展中出现的问题，指出在当前形势下，温病学要适应防治疾病和人民对卫生保健的需要，必须在提高学术水平和治疗效果、改革剂型等方面下功夫。积极呼吁开展科研，大胆汲取现代科学技术，克服固步自封、不思进取的思想。为了促进温病学的发展和提高，孟氏发起成立了全国性的温病学术组织，多次组织全国性温病学术研讨会，为以后中国中医药学会传染病专业委员会的建立打下了基础。
孟氏在从事温病学教学的过程中感到，明清以来，温病学从病因病机、诊断、治法到各个病种的理法方药，已经有了一个较为完整的学术体系。如仅选一些原著，不仅与临床脱节，而且在理论体系的表述方面也不可能完善、系统，故与教学的差距较大。有鉴于此，从５０年代起，孟氏和教研组的其他老师一起，为建立符合现代学科体系要求的新的温病学体系进行了不懈的努力。主持编写了一系列温病学教材，为创立高等中医药教育的温病学学科体系作出了杰出的贡献，成为中医界公认的全国温病学学术带头人。日本医学杂志称他为“温病之泰斗”，并专门撰文介绍。
新的温病学学科体系主要有以下几个特点：
一是总结出温病的病因病机学。历代对温病的发病原因虽已论及，但或是从“六淫”而论，不能体现温病学的病因特点，或是仅简单地以“温邪”概括温病学的病因。孟氏与同事一起根据历代医著中有关“风热”、“风燥”、“暑邪”、“暑湿”、“湿热”、“温毒”、“时毒”等论述，归纳出风热病邪、温热病邪、暑热病邪、湿热病邪、燥热病邪等，分别引起风温、春温、湿温、暑温、秋燥、伏暑、烂喉痧等温病。孟氏在吴又可“杂气”学说的基础上，对叶天士所说的温邪性质作了进一步阐述。认为温邪的主要特点是从外感受，性质属热，致病迅速，病位有别。这样就较为客观、科学地表述了温病病因的性质。
二是建立了统一的温病辨证体系。温病卫气营血辨证和三焦辨证，初学者对其关系往往一时难以掌握。孟氏及其同事对温病的辨证理论进行了整理和研究，提出了以八纲辨证为指导，卫气营血辨证为经，三焦辨证为纬，结合脏腑、津液辨证的综合辨证体系。孟氏认为，卫气营血辨证理论主要是从温热病发展的纵向方面揭示其发展规律，三焦辨证理论则是在脏腑辨证的基础上对温热病在各个病变阶段所出现的病证进行分析，着重于病的横向分析。因此，两者应有机地结合起来，互为补充，使之成为统一的温病学辨证纲领。这样对温病的辨证更易于掌握和运用。这一辨证体系的建立不仅对温病学理论的整理和发展起到了重要作用，而且对整个中医辨证理论的确立与完善都有重要的意义。孟氏对传统的卫气营血辨证和三焦辨证内容，进行了加工提炼，使之内容更充实、具体。如卫气营血辨证，叶天士只是原则上提出了“卫之后方言气，营之后方言血”。而孟氏提出了在卫、气、营、血每一个阶段都有许多具体的证型。
如卫分证有风热犯肺、燥热犯肺、湿热遏于卫气等，气分证更有无形邪热亢盛、热结肠腑、热盛少阳、湿热困中等许多不同的证型。还提出在卫、气、营、血各阶段之间又有一些过渡性的证型，及卫、气、营、血合并发生的病证，如卫气同病、卫营同病、气营两燔、气血两燔等。这样就使卫气营血辨证的内容更加丰富而具体，临床运用更为方便。
三是充实和发展了温病的治疗学。温病学形成的一个重要标志就是许多温病的新治法不断出现，如清营凉血法、芳香化湿法、清心开窍法、凉肝熄风法、敛阴固脱法等。对温病的主要治法进行系统整理研究使之成为一个较为完整的治疗学体系的，也要归功于孟氏及其同事们。
孟氏把温病的主要治法归纳为解表法、清气法、和解法、祛湿法、通下法、清营凉血法、开窍法、熄风法、滋阴法、固脱法等。在每一类治法内又分为若干治法。如在论及温病的解表法时，具体分为疏风泄热、透表清暑、宣表化湿、疏表润燥等。对每一个治法的适应证、作用、代表方、注意事项等都作了深入的分析。近年来，针对这些治法进行了大量的实验和临床研究，这些研究工作的开展及所取得的成果与孟氏建立的温病学治疗学系统是分不开的。
四是进一步完善了温病的理法方药。温病包括了风温、春温、暑温、湿温、秋燥、伏暑、烂喉痧等。历代医家对每一种温病的病因、发病机理、传变特点、诊断治疗等虽都有一定的论述，但较为散在而简略。而且由于各个医家的认识不同，对每种温病的概念、治法的论述都有所差异。这对进一步研究温病是不利的。孟氏及其同事针对这一情况，进行了大量的整理和研究工作。首先从整理并统一各种温病的概念入手。如风温与春温，古人虽把两者一作为新感、一作为伏气，但在证型和治法上两者重复交叉甚多。孟氏认为风温指风热病邪侵犯肺卫后，以肺为病变中心的一种温病；春温则是温热病邪发自少阳，初起即见里热化火，并易于传营入血、闭窍动风，后期多见肝肾阴伤的一种温病。同时，结合临床实际对温病证治进行整理。以风温为例，孟氏归纳了文献中有关风温的证治内容，并结合临床将风温分为邪袭肺卫、邪热壅肺、痰热结胸、痰热阻肺而腑有热结、肺热发疹、肺热移肠、阳明热盛、阳明热结、热入心包、内闭外脱、肺胃阴伤等证型。另外，在整理温病证治内容时，还注意到与现代医学的内在联系。再以风温和春温为例，在阐发风温病因病机与病变特点时，实质是与重症流感、大叶性肺炎、支气管肺炎等病相吻合的，而春温则与流行性脑脊髓膜炎相吻合。这样不仅使两个病的界限明确，而且在诊断时可以参考现代医学的各种物理和实验室检验，有利于中西医结合诊治温病。
五是补充了温病预防的内容。在前人温病专著中，论及温病预防的极少。作为一门研究温病防治的学科，缺乏预防的内容显然是不完整的。所以孟氏在温病学内专门加入了预防的内容。除了整理历代有关温病预防的文献，突出中医预防的成就外，还结合现代临床实际，提出了发扬中医预防医学理论和方法的优势，在培固正气、强壮机体，隔离患者、控制传播，预防服药、防止染病的原则下，采用各种具有中医特色的方法来预防温病的发生。虽然，中医许多预防温病学的方法不能代替现代的防疫预防措施，但由于其简单易行，可以和现代的防疫方法相辅相成，不仅有实用价值，而且更具有进一步研究挖掘的重要意义。孟氏对温病学预防思想和方法的研究，丰富了现代温病学体系。
孟氏还针对温病学发展中出现的问题，指出在当前形势下，温病学要适应防治疾病和人民对卫生保健的需要，必须在提高学术水平和治疗效果、改革剂型等方面下功夫。积极呼吁开展科研，大胆汲取现代科学技术，克服固步自封、不思进取的思想。为了促进温病学的发展和提高，孟氏发起成立了全国性的温病学术组织，多次组织全国性温病学术研讨会，为以后中国中医药学会传染病专业委员会的建立打下了基础。